Výzvu odštartovali v roku 2016 Prírodovedné múzeum Los Angeles a Kalifornská akadémia vied ako súťaž medzi mestami L.A. a San Francisco. O dva roky neskôr sa konal prvý medzinárodný ročník a každoročne sa pridáva viac miest z rôznych častí sveta.

Iniciatíva podporuje koncept nazývaný občianska veda. Jedným zo spôsobov ako študovať prírodu a jej biodiverzitu, je prepojenie vedcov a členov miestnych komunít prostredníctvom projektov občianskej vedy. 

V roku 2021 sa prvýkrát zapojila do City Nature Challenge oficiálne aj Bratislava, miestnym organizátorom na území mesta je občianske združenie Stromosvet. Po pilotnom ročníku sa uskutočnili ďalšie dve výzvy City Nature Challenge Bratislava v rokoch 2024 a 2025. 

Prírodu môžeme nájsť všade okolo nás, aj v našich mestách. Keďže svetová populácia sa čoraz viac koncentruje v mestách, je dôležitejšie ako kedykoľvek predtým dokumentovať mestskú biodiverzitu a pomôcť zabezpečiť budúcnosť rozmanitosti prírody. Veľké súbory dát vytvorené prostredníctvom platformy iNaturalist a vedeckých organizácií môžu pomôcť lídrom prijímať informované rozhodnutia v oblasti ochrany prírody.